東吳大學香港校友會前身為1952年由蘇州與上海東吳大學校友創立的「東吳大學香港同學會」,首任會長為時任香港中華基督教青年會總幹事的彭紹賢學長。臺灣畢業的東吳大學香港校友雖然同樣可以參與東吳大學香港同學會,但始終希望能另行成立專屬臺灣東吳人的校友會;1990年4月,臺灣東吳香港校友發起成立「東吳大學留台校友會」,並於同年6月1日舉行首次會員大會,選出梁秀蘭校友為主席,惟因「東吳大學留台校友會」名稱與「東吳大學香港同學會」相近,未能註冊成合法社團。
1996年中,臺灣東吳香港校友得知「東吳大學香港同學會」已於1996年5月31日解散,校友黃德全、李國明、孫玉傑、鄒偉民及賀曾慶遂組成東吳大學香港校友會籌備委員會,向香港政府社團事務處申請註冊成立,12月27日獲准成立,並於1997年2月15日舉行成立典禮暨第一屆會員大會,母校發展處處長楊楨老師代表母校來港主持授旗儀式,黃德全校友獲選為第一屆會長,賀曾慶、李國明為副會長。
東吳大學香港校友會的宗旨為「團結校友,聯繫母校;互助互勵,關心社群」,設監事會及幹事會推動會務,每兩年舉行1次會員大會,並定期出版會訊、舉辦活動,設立「東吳大學香港校友會獎學金」,協助校友處理中華民國戶政、選舉、全民健保、教育或僑務等相關事務,協助推動香港學生赴臺升學及關注畢業校友在港權益。
本會每年舉行1至2次「新生入學說明會」,輔導獲分發就讀東吳大學的香港新生,同時支援東吳大學在學香港學生需要,並作為家長與東吳大學的溝通橋梁。
本會為臺灣各大學香港校友會總會與全國基督教大學(香港)同學會成員,每年都會與兩會合辦跨校校友活動。
東吳大學香港校友會秉持「關心社群」之精神,曾多次發動募款行動支援有需要者,例如在1999年10月募款捐助臺灣921地震災民;2003年5月初SARS(非典型肺炎)肆虐臺灣,臺北疫情嚴重,抗炎物資嚴重短缺,母校發函呼籲各海外校友會支援物資。本會募 款購買數千個外科用口罩及1,000枝水銀探熱針寄贈母校;2009年9月27日與Hong Kong Language and Culture Exchange Club及安澤國際(中國)救援協會ADRA,舉辦「台灣慈善籌款之夜」,支援八八風災災民重建社區重建心靈;2018年2月募款捐助花蓮地震災民;2019年9月更募款港幣逾17萬元,捐助於火災中不幸逝世的東吳在學香港學生家庭。