1960年代東吳大學校友來日留學者激增,尤其是關東地區,惟校友間的往來僅局限於同期或同鄉。有鑑於此,為增進校友間聯繫、加強校友的相互切磋,在東京地區校友蔡柱國、城仲模、林宗次、陳重孝及許信義等人的呼籲下,1966年於東京都新宿隨園成立「東吳大學留日校友會」,推舉蔡柱國學長為首任會長。
本會成立至今,在校友們的熱心支持下,會務推進尚稱順利,除與母校東吳大學一直保持聯繫外,並承蒙駐日大使館(代表處)熱烈贊助與關懷。目前本會成員有留學生、有在日本就職的校友、有從事大學教育者、有從事企業者、有國家派駐代表處者,也有其他機關團體派駐人員等,範圍十分廣泛。
本會在中華民國留日校友會中極為活躍,近年來在歷任會長的積極領導之下,會務蒸蒸日上,更增設九州、關西地區聯絡人,分別由九州大學鍾廷輝及大阪大學李幸禧學長擔任,相信在全體會員的努力下,定能徹底發揮互助合作、彼此照顧的東吳精神。
經過由譚鎧承學長領導的籌備班底逐步聯絡分散的校友,並向政府申請成立校友會,期許校友會能成為一個充滿東吳人情味的大家庭,為學校和校友之間打造良好、雙向的溝通橋梁,如擴大校友會性質,協助畢業生引薦工作,與澳門當地企業合作、計劃實習方案等。2011年8月東吳大學澳門校友會終於正式成立。
本會於每年12月舉辦年會並進行下一屆會長及幹部改選,為新年度計畫帶來新氣象。
鑒於校友們在日本讀書、工作之餘,少有郊遊及聯誼的機會,本會為校友們策劃迎新郊遊活動,除了介紹新到的留日校友外,也邀請學長姐分享留學經驗,回答校友所提有關學校及生活方面等問題,並進行交誼活動。
為響應母校東吳大學和校友總會的東吳公益日,本會於2019年3月9日在東京麻布有栖川宮紀念公園舉行美化環境大掃除活動,當天適逢週末,校友參加踴躍。
2004年5月8日本會藉母校東吳大學劉源俊校長蒞臨訪問的機會,由易錦銓會長代表本會將募得的日幣110萬9,000圓回饋母校,作為發展基金之用。