台北市私立東吳大學校友會的濫觴為1946年由東吳在臺校友伍守恭、林我鋒等人發起籌組旅臺同學會,推舉伍守恭為會長;後因各自職務分散各地,會務形同停頓。1949年來臺校友遽增,施季言、陳霆銳等人提議恢復同學會的組織,同時將新成立的「東吳大學在台同學聯誼會」併入,定名為「東吳大學同學會台灣分會」,並於7月29日在臺北市勵志社召開成立大會。翌年為符法令,取消臺灣分會名義,改稱「台北市東吳大學同學會」(簡稱東吳大學同學會)。
有鑑於當時臺灣失學青年問題十分嚴重,東吳大學同學會倡議在臺復校,先以「東吳補習學校」立案招生,並於1951年8月成立校董會負責復校相關事宜。1954年7月29日獲教育部核准復校,遂以「私立東吳大學法學院」名稱正式立案;8月校董會改組,定名為東吳大學董事會。
同學會每年定期舉行年會,並改選理監事;約自1958年起,由王紹堉擔任會長20餘年,積極推動會務及協助母校發展。1988年陸潤康膺選為新任會長,敦請王紹堉學長為名譽會長;1990年因應《人民團體法》的修訂,「台北市校友會」正式創會立案,由陸潤康擔任理事長。為延續東吳學生畢業後對母校的情感,校友會成立後積極號召東吳校友入會,近年更積極吸收年輕校友入會,同時透過參與活動的過程中,傳承學長姐的經驗及資源,讓年輕校友在初出校門時就能得到有力的協助。在歷任理事長的努力推動下,截至2019年9月,已有近900名校友入會。
由校友總會主辦,本會協助策畫第一場以聯誼性質為主的高爾夫球比賽,並自2006年起每年舉辦,以活絡校友情誼;2018年開始交由總會執行、規劃。
為母校東吳大學年度國際盛事,本會每年都會招募校友組隊參加5小時接力賽,尤其自2016年起連續3年獲得校友組冠軍的殊榮,並將獎金全數捐出,作為次年籌備超馬賽事經費。
校友總會於2016年舉辦東吳校友盃籃球賽,本會即號召校友組隊參加;為紀念陳飛鵬學長對於體育活動的付出,自從2018年起改名為「校友總會飛鵬盃籃球賽」。
本會透過舉辦不同形式的聯誼活動,凝聚校友向心力,包括大板根森林渡假村一日遊、雲林草嶺生態之旅二日遊、東吳大學全球校友年會、台酒威士忌品酒活動等。2018年12月首次跨區和雲林校友會共同舉辦草嶺石壁三日遊,促進校友們的情感交流。
新竹五峰國小棒球隊獲邀參加福建省2019年「第二屆夢想全壘打兩岸少年棒球邀請賽」,由於經費不足,本會主動發起募款,為偏鄉孩童人才培育盡一份心力,短短5天募得15萬元,一圓孩子們出國比賽的夢想。